Sajandi vältel (1640- 1770) teenisid Iisaku kogudust köstrid ja lühiaegselt ka mõned õpetajad. Esimeseks õpetajaks Iisakus oli Clemens Koldberg ehk Colderus (1650- 1651)[2], seejärel [3] Peale Holtzi lahkumist Rakveresse kuni 1867. aastani Iisakus oma õpetajat ei olnud

 

Kirikuõpetajate kõrval on Iisakus ametis olnud ka rida köstreid. Kirikuraamatutest võime leida järgmised nimed:

1725 - 1738   Uhhe Hans

1743-1744 Kristel Höck

“Et Iisaku õpetajad vähese palga pärast elada ei võinud”, sai Iisakust 1744. a. Jõhvi abikirik ja Jõhvi kirikuõpetaja käis siin “kolme näddala taggant“ jutlust pidamas. [5] Iisaku rahva kohta öeldakse, et “ nemmad on kül meie usku, agga käiwad wenne ridis, rägiwad kangeste ma- ja parremaste wenne keelt, kannawad ka ristikessi kaelas, löwad nenda, kuidas wennelasedki, risti enneste ette, ja kui wenne kirrikusse juhtuvad, siis seäl pühhade kujude ette küünlaid panevad, ja nende ette kummardavad. Sellepärast,et nemmad nenda kahhe wahhe peäl, neid Poolvernikuks, ehk poleusso rahvaks kutsutakse.” [6]

A. W. Hupel kirjutas[7]: “Iisaku kabel asub emakirikust üle 5 miili kaugusel, kuulutab jumalasõna ainult mõne adramaa suurusel Peipsi poole ulatuval maa-alal elunevatele talupoegadele, kes oma elulaadi tõttu ei taipa maailma asjadest eriti palju. Nende õpetamine ja juhatamine oleks kindlasti palju kergem, kui kabel muudetaks emakirikuks. Siis ei oleks ka Jõhvi pastoril enam vaja sinna tülikaid reise ette võtta. Tõepoolest on tehtud sellekohaseid ettepanekuid, nagu näiteks suurendada kirikumõisa maid, kahekordistada mõisatelt ja talupoegadelt kiriku heaks nõutavaid andameid (tavaliselt äraantava vilja hulka), aga ka sellest ei jätkuks uue kiriku jutlustaja ülalpidamiseks. Iisakust mõne miili kaugusel on teine väike ja probleemiderohke Jõhvi kiriku juurde kuuluv kabel – Tudulinna. Iisaku ja Tudulinna annaksid hädapärast kokku väikese kihelkonna, kui ületamatuks takistuseks ei oleks neid eraldav suur, osalt läbipääsmatu mets. Mõlemat ühendava tee ehitamine läheks väga kalliks maksma, kui ka umbes 6 – 7 miili pikkusest teekonnast vaimuliku jaoks tulenevad raskused kõrvale jätta. Oleks kerge mõned talupered kokku osta – neid on küllalt saada – ja nad metsa sobivatesse paikadesse elama panna, et nad kirikumõisale toodavate andamitega kindlustaksid Iisaku pastorile hädapäralise ülalpidamise. Kui paljud elavad ja toidavad ennast ning oma peret ühe adramaa saagiga! Ainult et uue kihelkonna loomisel tekkivad kulutused käiksid väikesele kabelile üle jõu.”

Selline elu kestis 1867. aastani.

Vahepeal püüti küll mitmel korral Iisakut Jõhvist eraldada ja Tudulinnaga kokku panna, kuid kuna “keriku mõisa hoonete ehitamine ja õpetaja ülalpidamine uuele kihelkonnale liig raske näitas olevat”, siis olid need katsed tulutuks jäänud.[8]

Kirikuelu muutus stabiilsemaks, kui köstri kohale asus Andreas Masing. Iisaku köstriks oli ka Andreas Masingu poeg Jakob ja viimase poeg Paul-Eduard.[9]

1847. a. palus tolleaegne Iisaku mõisa omanik Georg von Brevern Eestimaa Rüütlikogult abi kirikumõisa ehitamiseks. Rüütlikogu lubaski anda 3000 rbl., kuid tingimusel, et enne lahendataks kirikuõpetaja palga küsimus. Mälestusteleht kirjutab:[10] “Sellega algas nüüd üks uus ajajooks Iisaku kogudusele. Mitmed nõupidamised (kirikukonvendid) saivad selle asja kordasaamise pärast peetud, kuni viimaks 7. okt. 1864 uue koguduse piirid ära määratud saivad. Iisaku koguduse külge arvati järgmised mõisad ja vallad: Iisaku, Pootsiku, Terevere, üks jagu Ahakvere, Kurtna ja Pagari vallast, Imatu, Dubniku karjamõisaga ja Metsküla. Tudulinna kabeli kogudus: Tudulinna, Oonurme, Ranna-Pungerja, Lemmaku külaga ja Kaukse, mis enne Jakobi koguduse külles oli, lubas ka 

Kuna puukirik, kus senini jumalateenistusi peeti, oli vanaks jäänud, otsustati hakata ehitama uut kivikirikut. Selle tööga tehti algust 1845. a. ja õnnistati sisse 18. 08. 1846. a.[11]

1855. a. osteti Iisaku mõisalt 64 tiinu maad ja 1866. a. asuti kirikumõisa rajama.

1867. a. 29. oktoobrikuu päeval õnnistati  [12]  [13]  [14]

Samaaegselt õpetaja Hippiusega tuli köstriks Robert Theodor Hansen, kes 43 aasta jooksul oli köstritöö kõrval ka kihelkonnakooli asutaja ja arendaja ning Iisaku muusikaelule alusepanija. Tema juhtimisel võeti osa laulupidudest ja esineti nii oma kui ka ümberkaudsetes kirikutes koorikontsertidega.

R. Hippiuse surma järel 1886. a. sai uueks õpetajaks Albert Intelmann, kes teenis Iisaku kogudust oma surmani 1921. a.

1893 .a. juhtus suur õnnetus.

“Postimees” kirjutab:[15] ”Laupäeval, 6. küünlakuu päeval lõuna ajal, sündis meie kogudusele suur õnnetus. Meie Iisaku kirik, aastal 1846 ehitatud, põles ära. Arvamise järel on tuli korstnast hakanud, ehk küll nimetatud päeval kiriku ahi köetud ei saanud; päev enne seda õnnetust oli ta vähe köetud. Et vett käepärast saada ei olnud, ja sedagi, mis kõige ligemad kaevud anda suutsivad, liig vähe oli, ei võinud kaks tulepritsi, mis küll pea naabri mõisatest sinna toodi, mingit abi teha. Hädasti saivad altaripilt, kroonlühtrid, altaritekid ja oreliviled välja kantud. Viimastel ei ole aga enam suurt väärtust, sest et rutulise väljakandmise läbi palju rikutud on saanud. Meie armas kirikukell, mis 222 aastat kogudust Jumala kotta oli kutsunud, mis rõõmu ja leinaajal oma häält andnud, selle suu on nüüd vait - ta sulas tornis ära. Kesk talveajal oleme ilma Jumalakojata jäänud. Suurem hulk koguduse liikmeid ei teadnud õnnetusest enne, sest et see laupäeval sündis, kui pühapäeval kiriku tulles näha saivad, mis ärahävitamise tööd tuli oli teinud. Kellel vähegi oma kirik armas oli, seisavad pisar palgel, mustaks suitsenud kirikumüüride ümber ja ohkasivad: Taedmata, millal meie jälle oma kiriku saame; kogudus on väike ja rahaline jõud seda vähem.”

Kiriku eestseisus saatis nüüd uue kiriku ehitamise palvekirja “ülema valitsusele”, kes andis loa uue ja suurema kiriku ehitamiseks. Ehituskomiteesse kuulusid Anveldt Kauksist, Michaley Iisakust ja von Knorring Täriverest. 

“Olevik”  [16] ” Iisaku kiriku ehitamiseks on Tallinnast kirikuõpetajate läbi ühtekokku 872 rbl saadetud. Pääle selle on säält näitemüügi jaoks mis suviste kolmandal pühal ära peeti, rohkeste asju kingitud. Näitemüügist tuli kiriku ehituse hääks üle 360 rbl.kasu sisse ja asju jäi veel rohkeste üle.”

Pühtitsa nunnakloostrist saadi kingituseks väike 3-puudane kirikukell [17]

Ehitus algas 23. 07. 1893. a.

Kiriku ehitusmeister oli von der Hoven.

“Postimees” kirjutab:[18] “24. aprillil õnnistati meie kirik sisse Eestimaa kindral-superintendandi toimetusel. Juba hommikul vara kogunes ligidalt ja kaugelt kiriku ette kokku, kes igatsusega õnnistamise hakatust ootas. Umbes kella 11 ajal hakkas pidulik rong õpetaja maja eest kirikusse tulema, mille ees Iisaku pasunakoor mängis. Selle järel tulivad järgmised õpetajad kiriku riistu kandes: Thomberg Vaivarast, Haller Koerust, praost Hunnius Nigulast, Christoph Jõhvist ja meie oma õpetaja Intelmann. Südant täitis pühalik tundmus seda rahvast nähes, mis vaimulike meeste järele kiriku ette voolas. Praost Hunnius Nigulast pidas kõnet, milles ta kogudusele kõige kõrgema armu meelde tuletas. Praosti kõne järele pidas architekt lühikese Saksa keeles kõne. Selle järel Kaukse mõisa omanik herra Anveldt pidas kõnet, mille järele kindral-superintendent herra Hörchelmann uksed avas ja vaimulikud vanemad ees otsas, rahvas kirikusse voolas. Nüüd tuli õnnistamine, mida kindral-superintendendi herra toimetas, kus juures eel nimetatud õpetajad abiks olivad. Altari teenistust pidas õpetaja Heller Koerust. õpetaja Thomberg Vaivarast pidas jutlust, milles ta uuesti meelde tuletas, mis hääd Jehova Iisaku koguduse heldete inimeste läbi on teinud. Jutluse järel astus kohalik õpetaja kantslisse, kus ta kõiki tänas, kes kiriku ehitamise juures abiks olivad olnud. Lõppeks tähendas õpetaja, kui palju omast, kui ka võõrastest kihelkondadest andeid on tulnud, mida mul aga võimalik ei olnud üles tähendda. Lõpu-teenistust pidas kohalik õpetaja. Jumalateenistuse aega lõbustas kohalik laulu- ja mängukoor…”

Aasta hiljem paigaldati kirikusse Saksamaalt toodud orel, mis on tänaseni töökorras .

1918-1921 teenis Iisaku kogudust abiõpetajana Reinhold Intelmann.[19]

Pärast R. Th. Hanseni surma tuli Iisakusse uueks köstriks Gustav Sandberg, kes aga 1921. a. paiku lahkus ja köstri kohuseid asus  ametist.[20]

Aastatel 1922-1923 teenisid kogudust erinevad hooldajad-õpetajad. 10. 02. 1924 õnnistati ametisse Tartu ülikooli Usuteaduskonna lõpetanud ja Tallinna Pühavaimu kirikus ordineeritud õpetaja Voldemar Kuljus, kes jäi Iisaku kogudusega seotuks oma elu lõpuni (v.a. 1950- 1957, temast mitteolevatel põhjustel).

V. Kuljus oli juba üliõpilaspõlves kokku puutunud usutõdede vabameelse tõlgitsusega ja pastorina hakkas neid ka jutlustel kasutama. See vabameelsus ärritas kirikuvalitsust ja konsistooriumi 1. 10. 25 otsusega eemaldati ta ajutiselt ning 30. 12. 1925. a. otsusega  [21]

Iisaku kogudus aga reageeris kiiresti konsistooriumi otsusele ja juba 4. oktoobril arutas koguduse nõukogu koosolek Kuljuse tagandamise küsimust. Võeti vastu ka resolutsioon, kus avaldati õpetajale usaldust, otsustati lõpetada maksude maksmine konsistooriumile, kuid õpetajale endiselt täispalk maksta. Seda resolutsiooni toetas ka 18. 10. 25 kokkukutsutud koguduse täiskogu.[22]

17. 01. 26 kokkukutsutud koguduse täiskogul otsustati välja töötada oma põhikiri ja esitada see konsistooriumile kinnitamiseks, kui seda aga võeta vastu, siis registreerida kogudus iseseisvana.

Nii esitatigi oma põhikiri E. V. Siseministeeriumile kinnitamiseks. Koguduse oma eraldi põhikiri ei meeldinud aga konsistooriumile , kes esitas vaidluse Riigikohtule. Viimane aga lükkas konsistooriumi vaidluse tagasi.[23] 

Alles peale piiskop Rahamäe ametisseastumist võeti Iisaku kogudus taas Kirikute Liidu liikmeks.

Peale Vihmani vabastamist köstri ametist enam uusi köstreid ei palgatud, vaid otsustati võtta ametisse abiõpetaja. Esimeseks abiõpetajaks sai Theodor Vaas Tudulinnast, kes aga peagi lahkus.

1937. a. võeti Iisaku kirikus ette põhjalik remont: lagi värviti valgeks, kõrvaldati valgust varjavat parempoolset kooripealset ja tehti see ühepikkuseks vasakpoolsega; kaotati venemaitseline kassikuld jne. Kirik muutus pärast seda valgemaks ja kaunimaks. Kirik õnnistati peale remonti sisse koguduse iseseisvumise 70. aastapäeval, 8. aug. 1937.a.

Sellest päevast kirjutatakse:[24] “Juba varahommikust peale hakkas kiriku poole voorima hobuseid ja liikuma jalarahvast. Ilm oli haruldaselt selge ja ilus. Kella 8-9 paiku jõudsid omnibussiga kohale koguduse ja protestantliku liikumise sõbrad Tallinnast, Narvast ja Tudulinnast. Tutvuneti ümbrusega ja üksteisega. Kell 11.15 avati kirik jumalateenistusega. Kuna piiskopil võimalik ei olnud Iisakusse sõita, täitis kirikupühitseja ülesande Tallinna Pühavaimu kogiduse õpetaja T. Tallmeister. Avalaulule järgnevas kõnes rääkis pühitseja jumalakoja üle- ja alahindamisest. /…/ Lühikesele pühitsusvormelile vastas kogudus rahvaliku koraaliga: Oh võtkem Jumalat. Pärast eelliturgiat, mille pidas koguduse oma õpetaja, asus kantslisse jälle õpetaja Tallmeister ja jutlustas kolmanda käsu üle. Järgnevas tänukõnes mainis õpetaja Kuljus , et Iisaku kirik on muutunud valgemaks, puhtamaks ja ilusamaks” ning tänas annetajaid, korjajaid, korraldajaid eesotsas juhatuse esimehe Rombergiga jt, kes kõik kiriku õnnistamiseks kaasa olid aidanud. “Kõne lõpul luges õpetaja ette piiskopi telegrammi, milles ülemkarjane kogidusele soovib Jumala õnnistust. /…/ Armulauda jagasid mõlemad õpetajad, palve ja lõpuõnnistuse toimetas oma õpetaja.”

Saksa okupatsiooni ajal  [25]

1945. a. asus Kuljus koos perega elama Tallinnasse, kust ta  arreteeriti ja 

1. 04. 1954 - 1. 08. 1957 oli Iisaku õpetajaks Kuno Pajula, seejärel jätkas oma elutööd Siberist naasnud Kuljus kuni oma pensionile jäämiseni. (Voldemar Kuljus suri 1979. a.)

1957 – 61 remonditi kiriku katus ja valgendati seinad. (Päris uue katuse sai kirik 1993. a.)

1978 - 1981 hooldas kogudust õpetajana Elmar Kull, 1981 - 1987 Peeter Kaldur ja alates 1988. a. on Iisaku kogudusel oma õpetaja – Avo Kiir[26].

1991. a. tagastati kogudusele endine köstrimaja. Viimane remonditi ja nüüd asub seal koguduse kantselei, pühapäevakooli tuba, nõupidamiste saal ja talvekabel.

Kirikuhoonel on massiivne telkkiivriga läänetorn ja sellega liituvad külgeeskojad. Teravkaarsed aknad, akendevahelised tugipiilarid, teravatipulise portaalina kujundatud sissepääsud ning pisike haritorn pikihoone katusel annavad hoonele ajastuomase neogooti ilme. Interjööris katuslagi, idas kitsas teravkaarne võidukaar ning läänes kolmekülgne oreli- ja koguduseväär. Kooriseinas vitraažiga roosaken.[27]

Iisaku kirikus on 400 istekohta.

Kirik on arhitektuurimälestisena riikliku kaitse all. Kiriku varadest on tunnistatud kunstimälestisteks 19. saj II poolest pärit altarimaal “Kristuse ilmumine”, kantsel (19. saj. II pool, külgedel kuut apostlit kujutavad M. Kukk-Rahamägi maalid 1957. a.), köstrikantsel (19. saj lõpp), 2 hõbetatud ja seest kullatud messingust oblaatide toosi, 2 hõbetatud messingust veinikannu (1889. ja 1892. a.), 2 ristimisvaagent (1869. ja 1920. a.), 18-tulega vene päritoluga hõbetatud messingust kroonlühter ja 2 malmkroonlühtrit (24 tulega), 2 malmist 

Koguduses toimuvad piiblitunnid igal kolmapäeval kell 12.30. Sõprussidemed on Iisaku kogudusel Breklumi kogudusega Saksamaal.